合成类制药方面，相对征求意见稿变化较大的是，新标准要求此类药企在将污水送至污水处理厂之前，要对部分重金属和毒性物质的含量进行把关。企业向设置污水处理厂的城镇排水系统排放废水时，总镉、烷基汞、六价铬、总砷、总铅、总汞须在新规的监控位置执行相应的排放限值。
另外，新标准基本上对六大类药企的水污染物排放做了基准量的要求，将总量控制摆在了与浓度控制同样重要的位置。
中国化学制药工业协会秘书长周燕在接受《医药经济报》记者采访时表示，新标准增加了个别指标，部分标准亦有所调高，充分体现了国家强化环保治理和整治制药行业污水排放问题的决心。改革开放30年来，制药行业快速发展至今，结构调整、节能减排、清洁生产已到了刻不容缓的时刻。
企业着手应变
“此前，罚款成本低于处理成本，部分企业情愿罚钱，新标准执行后，这一现象有望改观。”光大证券医药资深分析师张美云认为，具体落实到产品，青霉素、头孢、VC等生产企业均将受到一定影响。
张美云同时指出，新标准对于没有规模效应的企业来说压力更大。由于新标准要求企业将污水处理到一定水平才能排向自然水体和污水处理厂，这将迫使企业购置污水处理设备，并建设沉淀池、曝气池等相关工程，企业将为此花费一笔不小的固定资产投资。小企业可能无法承受大笔的前期设施投入以及后期新增的排污处理费用。另外，受产能所限，小企业或无法实现污水处理设施的最大化利用，在同业竞争中将处于不利地位。 
